国民党中统和军统的主要区别如下：

一、负责人不同

中统负责人是陈果夫、陈立夫兄弟；军统负责人是戴笠、毛人凤。

二、性质不同

中统是国民党中央的情报机构；军统是国民政府军事委员会的情报机构。

三、组织不同

中统和军统在组织上略有差异。中统围绕局长室建立了人事科、专员室、第一、二、三组，经济调查处、交通处、研究室、统计处等处室。军统内部组织分为设计委员会、特种技术研究室、经济研究室、...、缮写室、医务室等等部门。军统成员遍布军队、警察、行政机构、交通运输部门以及驻外使领馆等要害部门。

四、管辖领域不同

军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门；中统主要管辖的就是国民党的党务问题、全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。

五、工作任务不同

中统的工作重心是监控国民党机关内部情况、打击一切国民党之外的党派、控制社会舆论和思想；军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

军统是由蒋介石负责、戴笠和毛人凤领导的、属部队编制的情报组织，主要负责军内情况；中统是由陈果夫和陈立夫负责、归中央统辖的情报组织，主要负责军外情况。